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CHAPITRE 2 - MICROBIOTE HUMAIN ET SANTÉ

Qu'est ce que le microbiote ?

I – La mise en place du microbiote

Le microbiote humain peut être associé à une colonisation microbienne de notre organisme. 
La colonisation initiale se fait à l’occasion de la naissance et sa composition dépendra 
de la voie d’accouchement choisie. Le microbiote va ensuite évoluer tout au long de la vie 
de l’hôte, en fonction de son environnement.

Le microbiote se compose de tous les micro-organismes que notre corps héberge. 
Il évolue tout au long de notre vie, mais sa formation commence dès la naissance. 
Le microbiote est initialement formé en fonction du type d’accouchement réalisé, car il s’agit 
alors du premier contact du nouveau-né avec le milieu extérieur. En effet, si l’accouchement 
se réalise par voie basse, le microbiote de l’enfant ressemblera à la flore vaginale de la mère. 
Si c’est par césarienne, il ressemblera au microbiote cutanée de la mère.

Des études scientifiques ont démontré que le microbiote des nourrissons nés par voie basse est riche en Bifidobacterium, 
un micro-organisme qui appartient aux actinobactéries, et en bacteroïdes. Chez les nourrissons nés par césarienne, 
le microbiote est riche en Clostridium et en Lactobacillus, organismes appartenant au groupe des firmicutes.

En quelques jours, ce sont des milliards de bactéries qui vont être au contact du nouveau-né. 
Les premières bactéries à coloniser le tube digestif seront des bactéries aérobies, comme les Enterococcus. 
Ces bactéries vont consommer le dioxygène présent dans le milieu, et ainsi favoriser par la suite le développement de bactéries anaérobies.


Définitions : 
  - une bactérie aérobie est une bactérie ayant besoin de dioxygène pour survivre,
  - une bactérie anaérobie est bactérie n’ayant pas besoin de dioxygène pour survivre.
  

II – L'évolution du microbiote au cours de la vie

Le microbiote est évolutif. En effet, tout au long de la vie il se construit une symbiose entre l’hôte et son microbiote. On appelle symbiose une association à bénéfice réciproque entre deux individus et/ou deux populations. Au cours de la vie, les principales sources de microbiote sont l’alimentation et le milieu de vie environnant. Le microbiote peut donc être modifié lors de voyages ou de changements de comportement alimentaire. Il peut également être modifié par une hygiène excessive.

  a- Le microbiote et l'alimentation

Des expériences ont été menées pour mettre en évidence le lien entre l’alimentation et les différentes espèces bactériennes composant le microbiote intestinal.
Afin d’étudier avec précision les variations de la composition du microbiote, il est nécessaire de réaliser les expériences sur des souris axéniques.

Définition : une souris axénique ne possède pas de microbiote, c’est-à-dire une flore intestinale vierge, sans bactéries.

Lors des expériences, un microbiote constitué des cinq grands groupes bactériens du microbiote humain a été transféré à des souris axéniques dans le but d’étudier les effets d’un changement régime alimentaire. L’alimentation qui leur a été donnée était d’abord pauvre en fibres, puis riche en fibres. En parallèle de ce changement de régime alimentaire, les observations ont permis de mettre en évidence une forte modification du microbiote d’origine. Ainsi, un changement de régime alimentaire implique des modifications dans la composition du microbiote.
Il est possible d’arriver au même constat en comparant les microbiotes d’individus vivants sur différents continents et n’ayant pas le même régime alimentaire.


  b- L'utilisation des antibiotiques et le microbiote intestinal

Les traitements antibiotiques altèrent fortement le microbiote, ces derniers peuvent donc avoir des effets plus ou moins néfastes sur la santé.

Définition : un antibiotique est une substance chimique qui entraîne la destruction des bactéries par exemple en s’attaquant à leur paroi. Les antibiotiques peuvent être à spectre large et détruire une grande diversité de bactéries, ou à spectre plus étroit.

Si le traitement est de courte durée, une partie des bactéries présentes dans le tube digestif sera détruite, mais elles pourront se redévelopper très rapidement.
Cependant, si la prise du traitement antibiotique est chronique, c’est-à-dire s’il perdure dans le temps, la flore intestinale pourra être détruite et causer des désordres physiologiques chez les individus concernés. La prise de probiotiques peut permettre de restaurer le microbiote.


III – L'influence du microbiote sur la santé

- Le microbiote permet la synthèse de nombreuses vitamines et par sa simple présence, protégeant son territoire, empêche l’installation de micro-organismes pathogènes apportés par l’alimentation.

- Il a également une action sur le système immunitaire : un équilibre s’établit dès la naissance entre le microbiote et les cellules de défense. De plus certains micro-organismes du microbiote  ont des propriétés anti-inflammatoires.

Ces deux mécanismes concourent à la tolérance du microbiote au niveau de l’intestin par l’organisme.



Cependant ce microbiote peut être modifié et engendrer des perturbations niveau de l’organisme. Il peut favoriser l’absorption des graisses à l’origine d’une obésité ou encore, diminué en quantité et en diversité en cas d’alimentation riche en graisses, déclencher des lésions intestinales sources d’inflammation et de stress influençant le cerveau alors à l’origine de changements de comportements alimentaires engendrant une obésité. Aujourd’hui, il est envisagé de transplanter des microbiotes pour soigner certaines pathologies dont l’obésité.